પ્રાકૃતિક કૃષિ હેઠળ ડુંગળીની ખેતીની શરૂઆત સેન્દ્રિય તત્ત્વોથી ભરપૂર જમીન તૈયાર કરવાથી થાય છે. ડુંગળીના પાકને ગોરાળું, મધ્યમ કાળી, સારી નિતારશક્તિ ધરાવતી અને ભરભરી જમીન વધુ અનુકૂળ આવે છે. જમીન તૈયાર કરતી વખતે, હેક્ટર દીઠ 20 થી 25 ટન સારું કોહવાયેલું છાણિયું ખાતર (ઋઢખ) અથવા જીવામૃત ભેળવવું જોઈએ. આ સેન્દ્રિય ખાતર જમીનને પોચી બનાવી પોષક તત્ત્વોની પૂર્તિ કરે છે. ત્યારબાદ, સપ્ટેમ્બર-ઓક્ટોબર દરમિયાન વાવેતર માટે ધરું ઉછેરવા માટે ગાદી ક્યારા તૈયાર કરવામાં આવે છે. બીજને વાવતા પહેલાં, ફૂગજન્ય રોગોથી બચવા માટે બીજ માવજત (ઉદા. ટ્રાઇકોડર્મા હરજીનીયમ) દ્વારા આપવામાં આવે છે. તંદુરસ્ત ધરું મેળવવા માટે નિયમિત અને હળવું પિયત આપવું જરૂરી છે, જેથી નવેમ્બર-ડિસેમ્બર સુધીમાં ફેરરોપણી માટે તૈયાર થઈ જાય છે.
જ્યારે ધરું 12 થી 15 સેમીનું થાય અને આશરે 45 થી 50 દિવસ જૂનું થાય, ત્યારે મુખ્ય ખેતરમાં તેની ફેરરોપણી કરવામાં આવે છે. ફેરરોપણી માટે ખેતરમાં ક્યારા અથવા ગાદી બેડ તૈયાર કરવાથી વધુ ઉત્પાદન મેળવી શકાય છે. પ્રાકૃતિક ખેતીમાં, જીવામૃતનો ઉપયોગ પાકને આવશ્યક પોષક તત્વો પૂરા પાડવા માટે અઠવાડિયાના કે 15 દિવસના અંતરે પિયત સાથે કરવામાં આવે છે. આ સિવાય, છોડના વિકાસ અને કંદના બેસવાના તબક્કે ઘન જીવામૃત અથવા આચ્છાદન નો ઉપયોગ પણ લાભદાયી છે. નીંદણ નિયંત્રણ માટે રાસાયણિક નીંદણનાશકોને બદલે હાથથી નિંદામણ અથવા આચ્છાદનનો ઉપયોગ કરવો જોઈએ, કારણ કે નીંદણ ડુંગળીના પાક સાથે પોષક તત્વો, પાણી અને પ્રકાશ માટે સ્પર્ધા કરે છે. જીવાત અને રોગના નિયંત્રણ માટે નીમાસ્ત્ર, બ્રહ્માસ્ત્ર અથવા દશપર્ણી અર્ક જેવા કુદરતી ઉપાયોનો છંટકાવ કરવામાં આવે છે.ડુંગળીના પાકમાં કંદનો વિકાસ થવાનો તબક્કો નિર્ણાયક હોય છે, જેના માટે ઠંડા અને સૂકા હવામાનની જરૂર રહે છે. આ તબક્કે છોડના મૂળના ભાગમાં ભેજ જળવાઈ રહે તે માટે નિયમિતપણે અને હળવું પિયત આપવું જોઈએ. જો કે, પાકની લણણીના આશરે 10 દિવસ પહેલાં પિયત આપવાનું બંધ કરી દેવામાં આવે છે. જ્યારે ડુંગળીના પાન પીળા પડી જાય, ગરદન નરમ થઈ જાય અને પાંદડા આડા પડવા લાગે, ત્યારે સમજવું કે પાક લણણી માટે તૈયાર છે. સામાન્ય રીતે, ડુંગળીનો પાક વાવણી પછી 3 થી 4.5 મહિના (100 થી 150 દિવસ) માં તૈયાર થાય છે. પ્રાકૃતિક રીતે ઉગાડેલી ડુંગળીની લણણી કર્યા પછી, તેને છાંયડામાં સૂકવીને સારી રીતે વેન્ટિલેટેડ જગ્યાએ સંગ્રહ કરવામાં આવે છે, જે લાંબા સમય સુધી સચવાઈ રહે છે. આ પદ્ધતિથી ખેડૂતો ખર્ચ ઘટાડી અને ઝેરમુક્ત આહારનું ઉત્પાદન કરીને વધુ આવક મેળવી શકે છે.